Su trayectoria académica, visible en Google Scholar y en su perfil institucional de Uniandes, se concentra en la historia de la ciencia y la tecnología en el mundo iberoatlántico, con énfasis en los siglos XVI al XIX, y en las relaciones entre conocimiento, arte, religión y política. El hilo conductor de su agenda es comprender cómo se producen, circulan y se legitiman ciertos saberes como «verdad» en contextos imperiales y posimperiales, y qué implicaciones éticas y políticas tiene esa producción de conocimiento.
Esa agenda se ha plasmado en libros que hoy son referentes. En Remedios para el Imperio: historia natural y la apropiación del Nuevo Mundo (Ediciones Uniandes), Nieto muestra cómo la historia natural, las expediciones y los gabinetes se convirtieron en herramientas para conocer, clasificar y gobernar la naturaleza americana. En Las máquinas del imperio y el reino de Dios (Ediciones Uniandes) explora el Renacimiento y la temprana modernidad para entender el entrelazamiento de artes mecánicas, instrumentos, imaginarios religiosos y dispositivos de saber. En Una historia de la verdad en Occidente (Fondo de Cultura Económica) propone una reflexión de largo aliento sobre los regímenes de prueba, las instituciones que sostienen la autoridad epistémica y las transformaciones históricas de la «verdad» científica. Y en Exploration, Religion and Empire in the Sixteenth-Century Ibero-Atlantic World (Amsterdam University Press) sintetiza, en clave comparada, los vínculos entre expansión ibérica, cosmologías cristianas y nuevas cartografías del saber.
Desde 2024, Nieto sostiene en el Magazín Cultural de El Espectador una columna de historia de la ciencia a la que accede el público general desde su perfil de autor. Allí propone leer imágenes, objetos e instituciones para pensar debates clásicos y contemporáneos: del diálogo entre artes visuales y conocimiento en el Renacimiento en «La magia y la ciencia de Alberto Durero», a las luces y sombras de la Ilustración en «Francisco de Goya y el lado oscuro de la Ilustración»; de las fronteras del método y la autoridad científica en «Los oscuros secretos de Isaac Newton», al sueño universalista y sus tensiones en «La Enciclopedia, la edad de la razón y el sueño de la hegemonía global». La periodicidad cercana a lo mensual ha permitido trazar un hilo curatorial que conversa, sin simplificaciones, con las preguntas de fondo de su investigación

El vínculo entre la columna y su obra académica es directo. Cuando la columna vuelve sobre la imprenta, los gabinetes de curiosidades o las máquinas renacentistas, se activan los ejes analizados en Las máquinas del imperio y el reino de Dios; cuando examina la universidad, los órdenes del saber o los lenguajes enciclopédicos, dialoga con Una historia de la verdad en Occidente; y cuando aborda expediciones, botánica o cartografías, retoma hipótesis de Remedios para el Imperio y la mirada comparada de Exploration, Religion and Empire in the Sixteenth-Century Ibero-Atlantic World. En conjunto, se trata de una divulgación que traduce problemas historiográficos complejos al formato del ensayo breve, sin perder densidad conceptual.
Para la Facultad, esta presencia sostenida en medios es valiosa porque amplía el alcance de la investigación, sitúa debates complejos en la conversación pública y fortalece un enfoque crítico y comparado de la historia de la ciencia. En un ecosistema informativo saturado, estas intervenciones muestran que la divulgación de alto nivel no es un añadido, sino una forma de producir valor público desde la universidad, al tiempo que invitan a lectores diversos a explorar, con mayor profundidad, la obra académica disponible en Google Scholar y en el sitio de Uniandes.