La Maestría en Antropología ofrece una formación flexible. El estudiante podrá escoger entre dos énfasis: Antropología Sociocultural y Arqueología-Antropología Biológica. Ambos enfoques contienen diversas áreas o líneas de investigación a las que el estudiante puede acceder según sus intereses. Adicionalmente, el énfasis en Antropología Sociocultural ofrece una modalidad en profundización, para personas interesadas en aplicar la Antropología por fuera del ámbito investigativo.