El plan de estudios del Doctorado en Historia de Los Andes gira alrededor del trabajo investigativo y está organizado de tal forma que los estudiantes puedan sacar el mayor provecho de los espacios académicos brindados por el programa. A partir del tercer semestre, una vez hayan aprobado los cursos de la fase de fundamentación, los estudiantes comenzarán formalmente a desarrollar su proyecto de investigación. De esta forma, el Doctorado en Historia de Los Andes pretende contribuir a la generación de conocimientos e interpretaciones novedosas sobre la historia, que sean pertinentes para la comprensión del país y de la región.