Cada línea de investigación es una temática distinta con la que el Programa se ha comprometido, todas tienen proyectos y publicaciones de profesores e investigadores que hacen parte del equipo de CONPAZ. Entre las líneas se incluyen la justicia transicional, la economía política del conflicto, las negociaciones de paz, el estado y la violencia en Colombia, el género y la memoria, los aspectos psicosociales del conflicto, la relación entre sector privado y construcción de paz, el comportamiento electoral en contextos violentos y la internacionalización de los conflictos armados.
Esta línea indaga la compleja dinámica de las emociones en el conflicto armado, así como las consecuencias de las acciones violentas en el ámbito emocional.
A través de esta línea se busca aportar elementos de análisis en torno a la compleja relación entre las dinámicas propias del conflicto armado y el juego electoral en Colombia.
Aborda la relación entre los procesos productivos relacionados con la explotación de diversos recursos naturales y las dinámicas del conflicto armado colombiano en diversas regiones del país.
A través de esta línea se busca indagar por la formación del Estado en Colombia a la luz de la relación de dicho proceso histórico con el ejercicio de la violencia tanto como actividad que fortalece la presencia estatal, así como acciones que ponen en entredicho la autoridad central.
Esta línea busca abordar preguntas como las señaladas con el objetivo de reflexionar y aportar perspectivas de análisis en torno a los principales temas, tensiones y debates de la construcción de paz en Colombia y el mundo.
La línea busca contribuir a consolidar una reflexión crítica acerca de las diferencias de género en contextos de confrontación armada y los múltiples lugares desde los cuales se inscriben diferenciadamente las vidas de mujeres, niñas y jóvenes.
Indaga por los factores que determinan que diversos actores internacionales se involucren en el desarrollo de un conflicto armado y las consecuencias que ello trae consigo tanto para la política doméstica como para el sistema internacional.
En esta línea se estudia la justicia transicional poniendo especial atención tanto a los múltiples dilemas que implican los diferentes modelos de justicia transicional en el mundo, como a los diferentes mecanismos judiciales, las medidas de reparación a víctimas y los procesos de reconciliación política y social en marcha en Colombia.
La línea indaga por los distintos factores y actores sociales que históricamente les han dado forma a los procesos de negociación de paz en Colombia y en algunos países de América Latina.
A través de esta línea se analiza cómo el sector privado se desempeña y desenvuelve en condiciones de conflicto armado y cómo puede contribuir a o imposibilitar la construcción de paz y a qué motivaciones y estímulos responde para vincularse a la consecución de la paz.